Hi-C獲得的是全基因組的互作信息，對于調控轉錄中增強子與基因啟動子遠程互作的loop檢測，Hi-C需要高深度 測序量， 且在檢測增強子與啟動子互作loop時，背景噪音高。
Promoter Capture Hi-C建庫流程基于常規Hi-C，在獲得的Hi-C文庫基礎上增加一步Promoter區域的雜交捕獲， 由于僅針對promoter區域的互作進行富集捕獲，可使原本微弱的互作信息足夠放大，因此可對promoter區域的 互作進行更深入的分析。相比Hi-C而言，在獲得相同分辨率情況，Promoter Capture Hi-C的測序量和成本降低。
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