研究物種：棉花

發表期刊：Front Plant Sci

主要研究方式：Iso-seq（PacBio 三代全長轉錄組） 

研究內容：

雜交可以顯著提高作物的產量，細胞質雄性不育（CMS）系統也是雜交棉花育種的有效工具，含有顯性Rf₂基因的恢復系可以恢復CMS-D8育性，但其恢復機制并不清楚。研究利用Iso-seq技術對CMS-D8棉花育性恢復機制進行了研究。從發育的花蕾中獲得了228,106個FLNC（全長非嵌合序列），分析確定了3,174個新轉錄本、2,597個新基因。鑒定出了652個lncRNA和7,234個AS事件、114個融合轉錄本等。其中與育性恢復相關的兩個新基因在恢復系中表達顯著高于不育系和保持系。研究通過Iso-seq為Rf₂育性恢復基因的分子功能提供了新見解，也為后續CMS-D8棉花育性恢復候選基因提供了新方向。

圖1 PacBio鑒定的新轉錄本功能注釋

研究物種：尖孢鐮刀菌

發表期刊：Postharvest Biol Tec

主要研究方式：RNA-seq 

研究內容：

馬鈴薯干腐病是馬鈴薯在貯藏中的常見病害，由多種鐮刀菌引起。同時，使用天然化合物替代化學藥劑來預防疾病也是更好的替代方案。研究發現百里香酚可以對主要病原菌尖孢鐮刀菌起到良好的抑制作用，可以抑制尖孢鐮刀菌孢子的萌發和活力。并且可以提高尖孢鐮刀菌對環境脅迫的敏感性，并提高馬鈴薯對其的抗性。通過RNA-seq發現，使用百里香酚處理前后的尖孢鐮刀菌存在370個差異基因（DEG），通過對DEG進行GO和KEGG富集分析，發現DEGs主要與代謝、轉運、膜等有關。研究為百里香酚防止馬鈴薯干腐病提供了支持。

圖2 轉錄組數據摘要

研究物種：人神經母細胞瘤細胞（SK-N-SH）

發表期刊：BMC Neurosci

主要研究方式：RNA-seq 

研究內容：

SARS-CoV-2具有高度傳染性，已經表明SARS-CoV-2感染會出現神經系統癥狀。但是，SARS-CoV-2感染對中樞神經系統損傷患者影響的潛在機制仍不清楚。應用RNA-seq技術分析了SARS-CoV-2感染前后的SK-N-SH細胞的轉錄變化，共有820個mRNA出現顯著改變，對差異基因進行了GO和KEGG富集。同時也驗證了SARS-CoV-2對SK-N-SH中細胞因子、趨化因子等存在誘導，以及激活NF-κB、p38等信號通路。研究構建了SK-N-SH細胞感染SARS-CoV-2后的轉錄圖譜，為了解SARS-CoV-2致病機制提供了新見解。

圖3 SARS-CoV-2感染SK-N-SH細胞中mRNA變化的表達譜