宏基因組學（Metagenomics），也稱元基因組學，利用二代測序技術（NGS）以特定環境下微生物群體基因組為研究對象，在分析微生物多樣性、種群結構、進化關系的基礎上，可進一步探究微生物群體功能活性、相互協作關系及與環境之間的關系，發掘潛在的生物學意義。與傳統微生物研究方法相比，宏基因組測序技術規避了絕大部分微生物不能培養、痕量菌無法檢測的缺點，因此近年來在環境微生物學研究中得到了廣泛應用。
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