根據不同的研究目的，常見擴增子測序產品有16S rDNA測序、18S rDNA測序和ITS測序三種，詳情如下：
16S rDNA測序：16S rDNA是編碼原核生物核糖體小亞基rDNA的DNA序列，具有10個保守區域和9個可變區域（V1-V9），其中保守區域在細菌間差異不大，高可變區具有屬或種的特異性，對16S rDNA某個高可變區進行測序，用于研究環境微生物中細菌或古菌的群落結構多樣性。
18S rDNA測序：18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rDNA的DNA序列，具有9個保守區域和8個可變區域，對18S rDNA某個高可變區進行測序，用于研究環境微生物中真核微生物的群落結構多樣性。
ITS測序：ITS分為兩個區域，ITS1和ITS2。ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之間。對ITS1或ITS2進行測序，用于研究環境微生物中真菌群落結構多樣性。
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