2019年,美國Steven Henikoff實驗室成功研發CUT&Tag技術。作為全基因組水平的DNA-蛋白質互作研究方法,CUT&Tag的技術核心是運用連接有刀豆蛋白的磁珠結合細胞膜或細胞核,通過抗體將Protein A/G-Tn5轉座酶融合蛋白靶向帶到目標蛋白附近進行染色質切割。
CUT&Tag的實驗時間短,實驗過程未對細胞核和染色質進行物理性的破壞,整個操作過程相當“溫和”。因此CUT&Tag的背景噪音數據非常少,信噪比高,對起始細胞量的要求大幅減少,操作簡單且數據可重復性好,更加專注于活躍的染色質位點和轉錄因子結合位點,備受表觀遺傳領域研究者的關注。目前已廣泛應用于動植物的基礎機制研究,并在逐步拓展至農業和醫學轉化。
對于起始細胞量的要求,CUT&Tag自帶“低起始量光環”,研發者指出針對組蛋白,可低至100個細胞;針對轉錄因子,可低至1000個細胞,并且數據質量都很好,不同細胞起始量的結果也較穩定。
CUT&Tag的富集效果更好
CUT&Tag的背景噪音更低
可重復性好
應用方向
(1)確定基因組上組蛋白修飾出現的位置;
(2)確定蛋白質復合體及其它反式因子在基因組上結合位點的精確定位;
(3)確定CTCF結構蛋白、轉錄因子和其他染色質相關蛋白如何影響表型;
(4)聯合Hi-C/ATAC-seq/RNA-seq多組學數據,揭示增強子-啟動子互作調控基因表達的機制。
技術路線
實驗流程
分析流程
產品參數