泛基因組是指通過對同一物種不同品種基因組進行測序、組裝，一方面比較不同品種基因組之間的結構變異，挖掘品種特異的存在-缺失突變，了解物種對特定環境的適應性或特有的生物學特征；另一方面構建core genome（核心基因組）和dispensable genome（非核心基因組），進而解析品種特異的生物學屬性。
進行泛基因組分析，可選擇不同亞種材料進行泛基因組測序來研究物種的起源及演化等重要生物學問題；也可選擇野生種和栽培種等不同特性的種質資源進行泛基因組測序去發掘重要性狀相關的基因資源，為科學育種提供指導；還可選擇不同生態地理類型的種質資源進行泛基因組測序開展物種的適應性進化，外來物種入侵性等熱門科學問題的研究，為分子生態學等學科提供新的研究手段。
泛基因組的發展歷程
應用方向：
技術路線：
泛基因組分析技術路線
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