菲沙基因核心技術團隊人員參與構建了大型生物信息學平臺WormBase,擁有大型生物數據庫開發的經驗,可以幫助科研人員構建特定物種的生物數據庫。
案例:
秀麗隱桿線蟲是生命科學研究中廣泛使用的模式物種,具有周身透明、體型?。?mm)、世代時間短(3天)、無性或有性繁殖等特點,以及不變的細胞譜系、相對簡單的神經系統和緊湊的基因組(100 Mb)。WormBase研究團隊的核心目標是對持續增長的各種線蟲信息進行整合,構建一個可以web訪問、精確度高的線蟲數據庫。除了作為靜態數據庫外,WormBase還整合有大量的生物信息分析工具,為線蟲研究人員提供界面友好、全面的數據挖掘環境。
菲沙基因相關文獻:
1、Harris TW, Chen N, Cunningham F, et al.WormBase: a multi-species resource for nematode biologyand genomics.Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D411-7.
2、Chen N, Lawson D, Bradnam K, et al. WormBase as an integrated platform for the C. elegans ORFeome.Genome Res. 2004 Oct;14(10B):2155-61.
3、Chen N, Harris TW, Antoshechkin I, et al. WormBase: a comprehensive data resource for Caenorhabditis biology and genomics.Nucleic Acids Res. 2005 Jan 1;33(Database issue):D383-9.
4、Schwarz EM, Antoshechkin I, Bastiani C, et al. WormBase: better software, richer content.Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D475-8.
5、 Bieri T, Blasiar D, Ozersky P, et al. WormBase: new content and better access.Nucleic Acids Res.2007 Jan;35(Database issue):D506-10.