DNA和染色體存在于細胞核的三維空間中。雖然基因組在線性序列中存儲了遺傳信息，但是基因的正確表達、調控以及基因調控元件之間的相互作用都是在染色體折疊成的復雜三維結構中完成的，染色體的三維空間結構對基因的表達和調控具有重要影響。
高通量染色體構象捕獲（High-throughput chromosome conformation capture, Hi-C）是一種可用于研究基因組三維結構的創新技術，通過對細胞核內染色體構象進行固定、酶切、連接、捕獲等步驟，對捕獲的含有染色質互作信息的片段進行高通量測序，通過生物信息學分析，能夠在全基因組范圍內獲得不同基因座之間的空間相互作用，發現三維空間中的遠程調控元件，揭示空間結構調控基因功能發揮的機制。實驗技術原理如下：
甲醛交聯（固定）-酶切-末端修復引入生物素標記-連接-解交聯DNA提取建庫-高通量測序
Hi-C技術通常需要百萬級別的細胞量，但是對于動物胚胎、神經元、植物根尖、臨床組織等來源稀少或材料珍貴的樣本，難以獲得其百萬乃至十萬級的細胞數，這對于胚胎發育、腫瘤和臨床疾病等等研究有所限制。低起始細胞量的技術順應而生。低起始Hi-C通過縮放反應體系、減少實驗步驟、減少轉管次數來避免樣品損失，細胞數量最低可至百個以下。
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